1- چون اغلب مواد آلی ناپایدار و کم فرار هستند، برای کار با GC باید آن­ها را به مشتقات فرار تبدیل کرد که ایجاد مشتقات فرار و باقی ماندن جزیی از مشتق­ساز ایجاد پیک­هایی می­کند که نتایج آزمایش را مختل می­سازد، حال آنکه جداسازی این گونه مواد با HPLC به آسانی امکان­پذیر است.

2- دو فاز ثابت و متحرک در HPLC به طور رقابتی عمل می­کنند و جداسازی به وسیله­ی دو فاز انجام می­شود، در صورتی که در GC یک فاز یعنی فاز ثابت عمل جداسازی را انجام می­دهد.

3- یکی از مزایای HPLC وجود شناساگردهای آن است که برای هر دسته از ترکیبات شناساگرهای انتخابی ویژه وجود دارد که این تنوع شناساگرها از مزایای HPLC است. در صورتی­که در GC شناساگرها محدودتر می­باشد.

4- مدت آنالیز در HPLC فوق­العاده اندک است، آنالیز ترکیبات آلی ناپایدار و کم فرار مواد خوراکی، شیمیایی دارویی توسط HPLC امکان­پذیر است.

5- مواد بسیار قطبی را با GC نمی­توان آنالیز کرد در صورتی­که با HPLC می­شود.

6- در HPLC به سبب دو فاز رقابتی پیک ها معمولا به صورت متقارن هستند، در صورتی­که در GC اغلب پیک­ها به صورت نامتقارن هستند و محاسبه­ی مساحت زیر منحنی یا AUC با اشکال و خطا است. ولی در HPLC به سبب وجود تقارن محاسبه AUC دقیق انجام می­شود.

7- وجود آب در نمونه­های آزمایش در HPLC اشکال ایجاد نمی­کند، در صورتی­که در GC وجود اندک آب سبب تخریب آشکارساز می­شود.

8- وجود آب در شبکه­ی کریستالی، وجود مولکول­های هیدروژن آب در HPLC قابل تشخیص، ولی در GC قابل ارزیابی نیست.

9- وجود ناخالصی­ها به ویژه ناخالصی­های بسیار قطبی و یا با وزن مولکولی بالا در HPLC قابل تشخیص، ولی در GC قابل تشخیص نیست.